国家审计准则第三十六条在审计法及其实施条例规定的基础上，对适合安排专项审计调查的项目提出了指导性意见，即对于预算管理或者国有资产管理使用等与国家财政收支有关的特定事项，凡是涉及宏观性、普遍性、政策性或者体制、机制问题的，或跨行业、跨地区、跨单位的，或涉及大量非财务数据的，可以开展专项审计调查。也就是说，专项审计调查应当围绕党委政府、社会公众关注的焦点、热点和难点问题，或者是审计中已经发现的带有普遍性、倾向性、苗头性问题开展，而且审计机关对这些事项的调查能够发挥宏观性、建设性作用，审计调查结果具有一定影响力。

一般而言，只涉及单个部门或单位，侧重于全面监督其财政财务收支真实合法效益的项目，如检查政府部门预算执行情况、国有企业资产负债损益情况等，适合安排审计项目；涉及某个行业、多个部门或者单位，侧重于掌握某项重大政策、法规、制度落实情况和重大财政财务管理体制运行情况等特定事项的，如了解某个行业的防范风险状况、国家重大经济政策的执行情况等，适合安排专项审计调查项目。在实际工作中，审计机关从编制年度审计项目计划开始，就应当区分审计和专项审计调查，合理安排好项目类型，避免不必要的混乱。