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资产评估学科中对资产的界定是为拥有者或控制者带来一定经济利益的经济资源，体现其经济价值，因此自然资源资产经济价值评估可采用资产评估理论中的市场法、成本法和收益法三大基本方法，确定为一般评估途径。
(1)经济价值
市场法、收益法和成本法在《农用地估价规程》(GB/T28406-2012)中均有分析，理论上适用于耕地、林地、草地等农用地的评估。
但我国农用地市场发育滞后，农用地流转机制发展时间不长，市场上缺少可比性较强的参照物，难以利用市场法来进行评估。农用地的权属性质规定不得随意改变农用地为非农用途，加之土地的不可再生性和稀缺性，使得土地成本是虚拟的，且具有弱对应性，利用成本法评估的结果与实际价值偏差较大。考虑到农用地的收益和成本较易测算，租赁和承包也有期限。
因此适宜选用收益还原法进行农用地价值的评估。
(2)社会生态价值
Richardson等(2015)开创性地提出当量因子评估法，有效地对大中型尺度范围的生态系统服务价值进行评估。但Costanza等提出的当量因子法基于全球尺度的生态价值评估，直接用于我国生态价值评估会出现一定误差，谢高地等学者先后于2003年、2008年和2015年对当量因子表进行不断地更新和完善，制定了代表我国平均状态的各土地利用类型单位面积生态系统服务价值当量，该模型可以避免复杂烦琐的计算过程，被众多学者广泛应用。
因此，土地资源资产生态价值评估方法可选择生态价值当量因子法。
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